Da radikale islamiske terrorister angreb World Trade Center og senere tog i Madrid og London, blev hele den vestlige verden udfordret. Hvordan skulle man reagere? Og hvordan var det kommet så vidt? Sporene går tilbage til 1940'ernes Egypten og Det Muslimske Broderskab, der hurtigt var blevet en indflydelsesrig social og religiøs bevægelse næret af drømmen om et islamistisk Egypten. "På sporet af den hellige krig" følger i tre afsnit sporene fra Al Qaedas terrorhandlinger tilbage til Egypten i 1940'erne. Her begyndte bevægelsen, som senere spredte sig til resten af Mellemøsten. Og i sidste ende til det meste af verden. Den hellige krig blev global.