Det meste af verden lever i dag med angsten for terrorangreb udtænkt og gennemført af radikale muslimer. Vestens krig mod terror har ganske vist sprængt Al Qaeda og drevet ledelsen på flugt. Men Al Qaeda har formået at omdanne sig til et netværk, der også omfatter unge europæiske muslimer. Via satellit-tv og Internet fodres de med et massivt budskab om hellig krig. "På sporet af den hellige krig" følger i tre afsnit sporene fra Al Qaedas terrorhandlinger mod World Trade Center og tog i Madrid og London tilbage til Egypten i 1940'erne. Her begyndte bevægelsen, som senere spredte sig til resten af Mellemøsten. Og i sidste ende til det meste af verden. Den hellige krig blev global.