Den hemmelige krig

I begyndelsen af 2002 blev danske specialstyrker sendt til Afghanistan for at deltage i krigen mod terror. En ny og aktiv linje blev dermed lagt i dansk udenrigspolitik. "Den hemmelige krig" undersøger, hvad de danske soldater foretog sig i Afghanistan, og på hvilket politisk grundlag. Filmens centrale spørgsmål er, hvorvidt danske soldater tog afghanere i fangenskab for efterfølgende at udlevere dem til amerikanerne på et tidspunkt, hvor den danske regering vidste, at amerikanerne ikke nødvendigvis overholdt Genève-konventionen?